Die Gemeinde Rottendorf liegt im Regierungsbezirk Unterfranken an der östlichen Grenze des Landkreises Würzburg. Bis zum Stadtzentrum Würzburg sind es nur rund 8 km.
Von Rottendorf aus können verschiedene Wanderungen unternommen werden. Zudem ist die Gemeinde an den Maintal-Radweg angebunden.