Unmittelbar nach seinem Regierungsantritt 1627 bat Hochmeister Caspar von Stadion die in Würzburg ansässigen Kapuziner, in Mergentheim eine Niederlassung zu gründen. Die Berufung der Mönche nach Mergentheim sollte vor allem der Wiederherstellung des römisch-katholischen Glaubens dienen, den man durch die Reformationsbewegung gefährdet sah.
Das 1629 errichtete Kloster wurde bereits zwei Jahre später von den Schweden zerstört, so dass Johann Caspar von Stadion von 1635 bis 1637 ein neues Kloster erbauen ließ.
1635 kam eine aus Passau stammende Kopie des Mariahilf-Gnadenbildes von Lukas Cranach d. Ä. in das Kloster und wurde daraufhin in einer kleinen Kapelle im Klostergarten aufgestellt. Wegen seiner wundertätigen Wirkung zog es Menschen aus der gesamten Umgebung an, so dass Johann Caspar von Stadion 1641 eine eigene Gnadenkapelle errichten ließ.
Als Napoleon 1809 den Deutschen Orden in Mergentheim auflöste, mussten auch die Kapuziner ihr Kloster verlassen. Erst 1920 kehrten sie wieder zurück. Heute sind die Kapuzinerpatres unter anderem in der Kurseelsorge tätig.
Betritt man das Kloster, so gelangt man vorbei an einer Lourdesgrotte und dem Konrad-Brunnen in eine schlichte, tonnengewölbte Saalkirche. An der Nordseite öffnet sich die Gnadenkapelle. Das Altarbild zeigt die Krönung Marias umgeben von Engeln und Heiligen und entstand um 1640. Der Stifter Johann Caspar Stadion kniet am rechten unteren Bildrand. Links daneben zeigt sich eine alte Ansicht von Mergentheim. Vor den Stufen des Altarraumes ist eine Gedenkplatte in den Boden eingelassen, unter der sich eine Gruft befindet. Der Stifter des Klosters hat sich hier, neben zwei anderen Mitgliedern des Deutschen Ordens, beisetzen lassen. Das Renaissancegrabmal des Stifters aus Alabaster befindet sich an der Südwand der Kirche. Es zeigt den Stifter vor Maria auf der Mondsichel kniend mit dem Kapuzinerkloster im Hintergrund.
Die Klosterkirche (ehemals Kapuzinerkirche Maria Königin) steht außerhalb der ehemaligen Stadtmauern, an der Straße Richtung Igersheim (heutige B19). Sie ist angeschlossen an das Stadtkloster "Maria Hilf", in welchem seit 2019 Franziskanerinnen von Sießen wohnen, leben und arbeiten.